不合法。大股东将出资金额放在自己母亲账户上当作财务进行管理，这种做法在公司法务上是不合法的，具体分析如下：

1. 公司财务独立性：公司作为一个独立的法人实体，其财务应当与公司股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员的个人财务严格区分。大股东将出资款项放入其母亲个人账户，违反了公司财务的独立性原则。

2. 出资义务履行：股东对公司的出资，应当直接注入公司的银行账户，并完成相应的出资手续，如验资、工商登记等。将出资款项放入个人账户，无法证明该款项已实际用于公司的经营和发展，因此不能视为有效履行出资义务。

3. 法律后果：

   • 民事责任：若因此导致公司资金短缺、经营困难或债权人利益受损，大股东可能需要承担民事赔偿责任。
   • 行政责任：公司登记机关可能会对公司及大股东进行行政处罚，如罚款、警告等。
   • 刑事责任：若大股东的行为构成犯罪，如挪用资金罪、职务侵占罪等，还可能面临刑事追究。

4. 合规建议：

   • 大股东应严格按照公司章程和法律规定履行出资义务，将出资款项直接注入公司银行账户。
   • 公司应建立健全的财务管理制度，确保公司财务的独立性、透明度和合规性。
   • 若已存在类似情况，应立即进行整改，将相关款项转入公司账户，并补办相应的出资手续。

综上所述，大股东将出资金额放在自己母亲账户上当作财务进行管理是不合法的，这种行为违反了公司财务的独立性原则，可能引发一系列的法律后果。因此，建议大股东和公司务必遵守相关法律法规，确保公司财务的合规性和透明度。