虚开增值税专用发票的税款损失不能直接交给法院。下面是对此问题的详细分析：

一. 税款损失的责任承担

• 在虚开增值税专用发票的情境中，税款损失的责任应由造成该损失的责任方承担。如广东省高级人民法院在(2023)粤民终XXXX号案件中的判决所示，如果一方（如运输公司）未按照合同约定提供真实有效的增值税发票，导致另一方（如能源投资公司）无法用发票抵扣税款，并因此补缴税款和支付滞纳金，那么责任方应赔偿因此造成的经济损失。

二. 税款损失的赔偿途径

• 税款损失通常是通过民事诉讼程序来寻求赔偿的。受损方可以向法院提起诉讼，要求责任方赔偿因虚开增值税专用发票而导致的税款损失及其相关利息等。法院会根据查明的事实和法律规定，判决责任方承担相应的赔偿责任。
• 例如，在上述广东省高级人民法院的案件中，能源投资公司就是通过向法院起诉，最终获得了运输公司赔偿税款损失及利息的判决。

三. 税款损失与法院的关系

• 法院是审理案件、作出判决的司法机关，它并不直接承担税款损失的责任，也不会直接接收税款损失作为赔偿。税款损失的赔偿是通过法院的判决来实现的，即法院会判决责任方将赔偿款项支付给受损方。

综上所述，虚开增值税专用发票的税款损失不能直接交给法院，而是应通过民事诉讼程序寻求赔偿，由法院根据查明的事实和法律规定判决责任方承担赔偿责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。