当主合同与补充合同的内容发生冲突时，一般以补充合同为准。但这一原则并非绝对，还需根据具体情况及法律规定进行综合判断。以下是详细分析：
补充合同的优先性：
- 若补充合同中明确约定了其与主合同不一致时的处理原则，即“以补充合同为准”，则应严格遵循该约定。这是基于合同双方自主意思表示的尊重，只要该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，即具有法律效力。
- 即使补充合同中没有明确说明与主合同冲突时的处理原则，由于补充合同签订时间往往晚于主合同，反映了双方最新的意思表示和协商结果，且《中华人民共和国民法典》第五百一十条和第五百四十三条分别为补充合同的合法性和合同的变更提供了法律依据，因此，通常以补充合同为准。
例外情况：
- 如果主合同或补充合同的生效需要特定的批准程序，而补充合同未经批准，或者招投标的合同补充协议构成对主合同的实质性变更却未经备案，那么可能仍需以主合同为准。
- 主合同的效力状态直接影响补充合同的效力。若主合同无效，补充合同可能因无法独立履行而同样无效。
综合判断：
- 在处理主合同与补充合同矛盾时，应首先审查补充合同中是否有关于冲突解决的具体约定；其次，考虑补充合同的签订时间、背景及目的，以及是否违反了法律法规的强制性规定；最后，需特别注意主合同中是否明示了不得变更的条款，补充协议中对该条款的变更将不发生法律效力。综合以上因素，判断应以哪份合同为准。
综上所述，虽然一般情况下以补充合同为准，但在具体案件中，还需根据合同条款、法律规定及实际情况进行细致分析。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。