关于“执行还款协议被执行人不是公司法人签署是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
结论前置
执行还款协议的效力并不完全取决于是否由公司法人签署，而更多地取决于协议的内容、签署人的权限以及是否满足法律规定的要件。
分析说明
协议内容合法性：
- 还款协议的内容必须合法，不能违反国家法律法规的强制性规定，否则协议无效。
- 协议应明确约定还款金额、还款期限、还款方式等关键条款，以确保双方权利义务的清晰。
签署人权限：
- 如果还款协议是由公司签署的，那么签署人必须具有代表公司签署协议的权限。
- 公司法人当然具有代表公司签署协议的权限，但并非只有公司法人才能签署。例如，公司的授权代表或委托代理人也可以在授权范围内签署协议。
- 因此，即使被执行人不是公司法人，但只要其签署协议时具有相应的权限，协议仍然有效。
法律要件满足：
- 还款协议作为民事合同的一种，必须满足合同成立和生效的法律要件，包括双方意思表示真实、合同内容合法、合同形式符合法律要求等。
- 如果协议满足这些要件，那么无论是由公司法人还是其他有权签署人签署，协议都是有效的。
特殊情况处理：
- 如果被执行人签署协议时没有权限或超越权限，那么协议可能因无权代理或超越代理权而无效。但在此情况下，如果公司事后对协议进行追认或确认，那么协议仍然可以生效。
- 另外，如果协议存在欺诈、胁迫等违法情形，那么协议也可能因此而无效。
总结与建议
综上所述，执行还款协议的效力并不完全取决于是否由公司法人签署。在判断协议效力时，应综合考虑协议内容的合法性、签署人的权限以及是否满足法律规定的要件。如果协议存在任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师进行审查和处理。同时，在签署协议前，双方应确保签署人具有相应的权限，并明确约定协议的关键条款，以确保协议的合法性和有效性。