在军事管理区内的建筑，若未按照相关法律法规办理建设工程规划许可证或违反城乡规划，则可被认定为违法建筑。具体分析如下：
一. 违法建筑的认定依据
- 规划许可要求：根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十条，在城市、镇规划区内进行建筑物建设，建设单位或个人需向城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。若军事管理区内的建筑未办理此证，则可能构成违法。
- 城乡规划遵守：同样依据上述法律，所有建设活动应遵守城乡规划。若军事管理区内的建筑违反了城乡规划，如位置、高度、用途等与规划不符，也将被认定为违法。
二. 军事管理区的特殊性
- 军事管理区因其特殊性质，可能涉及国家安全、军事秘密等敏感问题。因此，在该区域内的建筑活动不仅需遵守一般城乡规划法，还可能受到其他特殊法律法规的约束。
三. 违法建筑的处理
- 调查与认定：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条，市、县级人民政府及其有关部门应依法对建设活动进行监督管理，并对未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
- 法律后果：若军事管理区内的建筑被认定为违法，根据相关法律法规，可能面临责令停止建设、限期拆除、罚款等法律后果。
综上所述，军事管理区内的建筑若未办理建设工程规划许可证或违反城乡规划，将被认定为违法建筑。我建议相关建设单位或个人在军事管理区内进行建筑活动时，务必遵守相关法律法规，确保建筑活动的合法性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。