关于政府雇员职务犯罪的处理方式，其实与一般企业员工职务犯罪的处理原则相似，都需要综合考虑司法程序与单位内部处理两个方面。以下是对此问题的详细解答：
一、明确处理原则
政府雇员职务犯罪的处理应依据犯罪情节的轻重，采取相应的措施。对于轻微犯罪，可以由政府单位内部按照相关规定进行处理；而对于严重犯罪，则必须依法报警，通过司法程序来追究刑事责任，并在此基础上进行单位内部管理的改进和完善。
二、司法程序处理流程
立案阶段：
- 当政府单位发现雇员有职务犯罪行为（如贪污、受贿、挪用公款等）时，应及时向公安机关报案。
- 公安机关会对报案材料进行审查，确认有犯罪事实且属于其管辖范围后，会决定立案调查。
侦查阶段：
- 公安机关会展开全面的调查取证工作，包括询问证人、讯问犯罪嫌疑人、查询银行账户等，以收集足够的证据。
- 根据案件的具体情况，公安机关可能会采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施来确保案件的顺利进行。
审查起诉阶段：
- 公安机关侦查终结后，会将案件移送人民检察院进行审查起诉。
- 人民检察院会对案件进行全面审查，包括证据的合法性、犯罪事实的清晰度等，以确定是否应该提起公诉。
- 如果人民检察院认为证据确实、充分，且犯罪嫌疑人应该追究刑事责任，则会向人民法院提起公诉。
审判阶段：
- 人民法院会开庭审理案件，公诉人会指控犯罪事实，被告人及其辩护人会进行辩护。
- 法院会根据庭审情况和法律规定，对被告人作出有罪或无罪判决，并判处相应的刑罚。
三、政府单位内部处理措施
初步应对：
- 当发现雇员有职务犯罪嫌疑时，政府单位应立即对其进行停职处理，以防止损害进一步扩大。
- 同时，应成立专门调查小组，开展内部调查，收集相关证据。
人事处理：
- 根据犯罪情节的严重程度，政府单位可以给予雇员警告、降职或解除劳动合同等处分。
- 在解除劳动合同时，必须确保程序合法合规，以避免潜在的劳动纠纷。
经济损失追讨：
- 如果雇员的职务犯罪行为给政府单位造成了经济损失，单位有权要求其赔偿。这可以通过协商或民事诉讼途径来实现。
管理制度完善：
- 政府单位应对内部管理制度进行全面审查，特别是财务管理、审批流程、内部审计等方面，以找出可能存在的漏洞。
- 针对发现的问题，应加强关键岗位的监督和制约，建立健全预防机制，以防止职务犯罪再次发生。
四、总结与建议
在处理政府雇员职务犯罪时，政府单位应始终保持与司法机关的密切沟通，确保处理措施的合法性和有效性。同时，单位也应深刻反思管理上的漏洞和不足，及时改进和完善相关制度，构建长效的预防机制。此外，加强雇员的法制教育和职业道德培训也是预防职务犯罪的重要手段。