单位应当通过财务流程报销或支付垫付金额的方式，对公务卡还贷的个人进行补偿。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 垫付行为的性质

• 你使用个人资金垫付了单位公务卡的还贷金额，这实际上构成了你与单位之间的债权债务关系。你作为债权人，有权要求单位进行补偿。

二. 补偿的方式

1. 报销流程：通常，单位会有相应的财务报销流程。你可以将垫付的公务卡还贷金额，连同相关的发票、收据等证明材料，一并提交给单位的财务部门进行报销。财务部门审核无误后，会将垫付金额支付给你。
2. 直接支付：如果单位财务流程较为灵活，或者你们之间有明确的约定，单位也可以直接支付你垫付的金额，而无需通过报销流程。

三. 法律依据与风险

• 虽然此问题主要涉及单位内部的财务管理和债权债务关系，但《中华人民共和国刑法》第二百七十一条关于职务侵占的规定提醒我们，单位工作人员不得利用职务之便非法占有单位财物。因此，在要求单位补偿垫付金额时，应确保行为的合法性和正当性，避免触犯法律。

四. 实际操作建议

• 保留证据：务必保留好所有与垫付行为相关的证据，如银行转账记录、发票、收据等，以备不时之需。
• 及时沟通：与单位财务部门或相关负责人进行及时沟通，明确补偿的方式和时间，确保你的权益得到保障。
• 遵循流程：按照单位的财务流程和要求进行操作，避免因流程不当而产生不必要的麻烦。

综上所述，单位应当通过财务流程报销或直接支付的方式，对你垫付的公务卡还贷金额进行补偿。如有进一步需要，你可以继续咨询我。