分公司签署的合同被仲裁了，仲裁文件盖章可以盖总公司的章。在司法实践中，由于总公司与分公司之间是隶属关系，且分公司不具有法人资格，所以可以由总公司盖章确认，并由总公司承担相应的法律责任。以下是详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”

2. 具体解释：

   • 分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，因此其签署的合同在法律上视为总公司签署。
   • 在仲裁文件中盖章时，如果盖的是总公司的章，则视为总公司对该仲裁文件的确认，由总公司承担相应的法律责任。

3. 实际操作建议：

   • 在盖章前，应确保总公司对分公司的授权明确，且分公司签署的合同内容符合总公司的意愿和利益。
   • 盖章时，应使用总公司的正式公章，并确保盖章的清晰和有效性。
   • 如有可能，建议在盖章前咨询专业律师，以确保盖章行为的合法性和有效性。

综上所述，分公司签署的合同被仲裁时，仲裁文件盖章可以盖总公司的章，且由总公司承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。