公司缺勤一天按3天扣工资是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
2. 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

分析说明

1. 工资支付原则：根据《劳动法》的规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。缺勤一天，用人单位可以不支付当天的工资，但无权额外扣除其他正常工作日的工资。
2. 扣薪限制：即使劳动者缺勤给用人单位造成了经济损失，用人单位在扣薪时也必须遵守《工资支付暂行规定》的限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。
3. 合理性考量：缺勤一天扣三天工资的做法显然超出了合理范围，既违反了法律法规，也损害了劳动者的合法权益。

法律建议

1. 与用人单位沟通：劳动者若遇到此类情况，应首先与用人单位沟通，明确表达自己对扣薪做法的异议，并要求用人单位按照法律规定支付工资。
2. 投诉与仲裁：若沟通无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者应提供充分的证据来证明用人单位的扣薪行为不合法。
3. 法律咨询：在处理此类问题时，劳动者可以咨询专业的法律人士（如本人），以确保自己的权益得到充分保障。

综上所述，公司缺勤一天按3天扣工资的做法是不合法的。劳动者在遇到此类情况时，应积极维护自己的合法权益，必要时可寻求法律帮助。