结论前置：公司上班旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。
法律依据与分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司无权随意扣除劳动者的工资，除非有明确的法律规定或劳动合同约定。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给公司造成了经济损失，且即使存在经济损失，公司也无权直接扣除三天工资，这种做法超出了法定扣薪范围。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了公司支付工资的义务，以及不得随意克扣工资的原则。
规章制度与合理性考量
- 规章制度的合法性：虽然公司可以制定规章制度来管理员工，但这些制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。即使规章制度中规定了“旷工一天扣三天工资”，如果这一规定违反了法律法规或过度惩罚员工，那么该规定也是无效的。
- 合理性的考量：从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，公司有权不支付当天的工资。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益。
劳动者的应对措施
- 协商与沟通：如果公司存在此类违法扣薪的情况，劳动者首先应与公司进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
- 投诉与仲裁：若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，公司克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能面临加付赔偿金的处罚。
综合建议
- 公司方面：在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。同时，应建立合理的考勤管理制度，明确旷工的处理方式和后果，以维护劳动关系的和谐稳定。
- 劳动者方面：在遇到类似纠纷时，应了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。如果对公司扣薪行为有异议，可以及时咨询我，获取专业的法律建议。
总之，公司上班旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。无论是公司还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。