针对您提出的“执行案件两个申请人案款怎么支付”的问题，以下是根据相关执行案款分配细则和管理规定为您提供的详细解答：
首先，在执行案件中，若存在两个或更多的申请人，且被执行人的财产不足以清偿全部债权时，案款的支付将遵循一定的分配原则。这些原则通常包括：
按比例分配：对于被执行人为个人的情况，执行案款原则上会按比例分配给各个申请人。这意味着每个申请人将根据其债权比例获得相应的案款。
按查封、冻结、扣押顺序分配：对于被执行人为法人的情况，案款可能会按照查封、冻结、扣押等强制措施采取的时间顺序进行分配。如果多起执行案件拟定由一案为代表查封全部财产，那么将按执行立案的先后顺序进行受偿。
特殊情况的考虑：如果申请人提供了法院未掌握的财产线索或首先申请财产保全并实际控制被执行人财产，他们可能会要求多分案款。在这种情况下，法院可能会根据相关规定，如《浙江省高级人民法院关于在立案和审判中兼顾案件执行问题座谈会纪要》等，对首位财产保全申请人或财产线索提供人多分不超过一定比例的案款（如20%）。
在实际操作中，执行案款的发放管理通常遵循以下步骤：
案款收付管理：执行案款收付全部采用“一案一账号”系统，每个执行案件对应开设一个子账户，对执行款实行专项管理、独立核算、专款专付。
信息收集与确认：在执行接待专区进行立案前的资料审查时，会收集申请人的身份证、银行卡复印件等资料，并由申请人填写“银行账号确认书”予以确认。
案款通知与转账：执行人员会在执行通知书或相关法律文书中告知当事人案款系统开户银行名称、子账户户名、子账户账号，并通知当事人交款时在汇款附言栏填写相关信息。被执行人可以将执行款转账支付至案款系统子账户。
案款核算与发放：执行员在确认案款到账后，会完成执行款的核算和诉讼费、执行费等费用的结算，然后在“一案一账户”系统中提交案款发放申请。经过执行局局长审批后，财务部门会在规定时间内完成案款的线上拨付工作。
综上所述，在执行案件中两个申请人的案款支付问题上，法院会根据具体情况遵循相应的分配原则和管理规定进行处理。如果您作为申请人对案款分配有任何疑问或需要进一步的帮助，请及时向执行法院咨询并了解相关程序和要求。