当协议存在重大歧义时，处理起来需要细致且周全，以下是我给出的具体建议：

1. 优先协商补充：

   • 当事人应积极就存在歧义的部分进行深入的协商交流，充分表达各自的观点和诉求。
   • 基于平等、自愿的原则，努力达成补充协议，使原本不明确的约定变得清晰明确。

2. 细致文意解释：

   • 依据协议的上下文内容、订立协议的目的以及相关的交易习惯等因素，对有歧义的条款进行细致的剖析。
   • 通过全面分析，努力确定该条款的真实含义。

3. 参考习惯解释：

   • 如果在特定行业或交易领域存在普遍认可的习惯，可以依据这些习惯来对协议进行解释。
   • 这有助于让协议的约定更加明确具体，符合行业或交易的实际操作。

4. 综合体系解释：

   • 把有歧义的条款放在整个协议体系中去考量，综合分析其他条款之间的关联以及协议的整体意图。
   • 通过这种方式，可以更加准确地明确该条款在协议中的准确意义。

5. 不利解释原则：

   • 当对某条款存在两种及以上解释时，应作出不利于提供格式条款一方的解释。
   • 这有助于切实保护相对方的合法权益，防止格式条款的滥用。

6. 法律途径解决：

   • 如果通过上述方法仍然无法解决歧义，当事人可以向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁。
   • 由法院或仲裁机构依据法律和事实作出裁判，以确定合同条款的准确含义和当事人的权利义务。

举个例子，如果两份合作协议中关于利润分配条款约定不明确，存在歧义，一方认为应按投入比例分配，另一方则主张按工作量分配。此时，双方可以首先进行协商，明确利润分配的具体方式；如果协商不成，则可以结合协议的其他条款、合作的目的以及行业习惯等因素，对利润分配条款进行细致的解释和分析；如果仍然无法确定，则可以考虑向法院或仲裁机构寻求帮助，以维护自己的合法权益。

总之，处理协议中的重大歧义需要综合运用多种方法，并注重协商和沟通。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。