甲方有权终止合同。具体分析如下：
在建设工程合同纠纷中，若甲方（发包人）与乙方（承包人）签订了施工合同，而乙方未经甲方同意擅自将工程转包给丙方（实际施工人），这通常构成了合同的严重违约行为。根据《民法典》以及相关法律法规的规定，甲方在此情况下有权选择终止合同，并要求乙方承担相应的违约责任。
合同违约：乙方转包工程的行为违反了与甲方之间的合同约定，因为施工合同往往会明确禁止承包人将工程转包给第三方。乙方的这一行为构成了对合同义务的根本违反，甲方有权基于违约事实要求终止合同。
法律依据：根据《民法典》第五百六十三条的规定，当事人一方迟延履行主要债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的的，当事人可以解除合同。乙方转包工程的行为显然属于“其他违约行为”，且该行为可能导致甲方无法实现合同目的（如工程质量无法保障、工期延误等），因此甲方有权解除合同。
合同终止的后果：一旦甲方选择终止合同，乙方需要承担因违约而造成的损失赔偿责任，包括但不限于甲方因此遭受的直接经济损失、预期利益损失以及因寻找新的承包人而产生的额外费用等。同时，乙方还可能面临行业内的声誉损失和行政处罚等后果。
综上所述，甲方在乙方擅自转包工程的情况下，有权根据法律法规和合同约定选择终止合同，并要求乙方承担相应的违约责任。如果甲方在实际操作中遇到此类问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。