无证运输卷烟的处罚并非只针对超出部分，而是针对整个无证运输的行为。具体处罚情况如下：

1. 一般情形：

   • 若能查清卷烟来源合法且运输目的、用途等符合专卖要求，会没收违法所得，并可并处违法运输的烟草专卖品价值20%以上50%以下的罚款。
   • 若无法查清来源合法或有其他严重情节，会没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。

2. 特殊情形：

   • 如果运输的烟草专卖品价值超过5万元或者运输卷烟数量超过100件（每5万支为1件），则涉嫌构成非法经营罪。此时，将移送司法机关，依据刑法规定定罪量刑。情节严重的，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，可能面临五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

综上所述，无证运输卷烟的处罚是全面的，不仅针对超出部分，而且针对整个无证运输行为。具体处罚措施会根据违法行为的严重程度和具体情况进行裁定。如果你有相关法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。