竞争性磋商食堂采购招标文件设置了三体系认证证书的要求，这一做法的合法性需根据具体情况判断。

首先，我们要明确的是，竞争性磋商作为一种采购方式，其核心原则是公平、公正、公开，以及确保采购活动的竞争性和效益性。招标文件作为采购活动的重要依据，其设置的各项要求应当合理、合法，不得对供应商构成不合理的差别待遇或歧视待遇。

针对三体系认证证书（即环境管理体系、职业健康体系、质量管理体系）的要求，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 法律依据：
   • 《中华人民共和国政府采购法》第二十二条第二款规定：“采购人可以根据采购项目的特殊要求，规定供应商的特定条件，但不得以不合理的条件对供应商实行差别待遇或者歧视待遇。”
   • 《中华人民共和国政府采购法实施条例》第二十条进一步明确了以不合理的条件对供应商实行差别待遇或者歧视待遇的情形。

根据上述法律规定，如果食堂采购项目确实对三体系认证有特定要求，且这些要求是基于项目的特殊需要，并未对供应商构成不合理的差别待遇或歧视待遇，那么设置这样的要求是合法的。

1. 实际情况判断：
   • 需要考虑三体系认证证书是否与食堂采购项目的实际需求紧密相关。例如，如果食堂采购项目涉及到食品安全、环境保护、员工健康等关键领域，那么要求供应商具备相应的三体系认证证书是合理的。
   • 另一方面，如果三体系认证证书与食堂采购项目的实际需求无直接关联，或者设置这样的要求会导致某些供应商因无法获得这些证书而被排除在竞争之外，那么这样的要求就可能构成不合理的差别待遇或歧视待遇，从而违反法律规定。

综上所述，竞争性磋商食堂采购招标文件设置三体系认证证书的要求是否合法，取决于这些要求是否与项目的实际需求紧密相关，以及是否对供应商构成了不合理的差别待遇或歧视待遇。如果供应商认为招标文件中的要求损害了其权益，可以依法提起质疑或投诉。

因此，在编制招标文件时，采购人应充分考虑项目的实际需求和供应商的实际情况，合理设置各项要求，以确保采购活动的公平、公正和公开。同时，供应商在参与竞争性磋商时，也应仔细研究招标文件中的各项要求，确保其符合自身的实际情况和能力范围。