可以在不同城市的两个分公司签订劳动合同，但需满足一定条件。具体来说：
分公司具备合法用工主体资格：
- 如果分公司已依法取得营业执照或登记证书，那么它具有相对独立的用工权，可以以自己的名义直接与劳动者签订劳动合同。在这种情况下，劳动者可以与不同城市的两个分公司分别签订劳动合同，但需确保两份合同在工作时间、工作内容等方面没有冲突，且都符合劳动法律法规的规定。
分公司不具备独立用工主体资格：
- 如果分公司未依法取得营业执照或登记证书，那么它不能直接以自己的名义与劳动者签订劳动合同。然而，如果得到总公司的明确授权，分公司可以在授权范围内代表总公司与劳动者签约。此时，法律责任由总公司承担。在这种情况下，劳动者与不同城市的两个分公司签订劳动合同，实际上是与总公司签订，且需确保总公司对此有明确的授权和认可。
法律风险和注意事项：
- 劳动者在签订多份劳动合同时，应充分考虑可能存在的法律风险和权益受损情况。例如，两份合同在社保缴纳、工作时间等方面可能出现冲突，导致劳动者权益受损或面临法律纠纷。
- 建议劳动者在签订多份劳动合同前，务必咨询专业的法律顾问或律师，以确保行为的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险。
综上所述，可以在不同城市的两个分公司签订劳动合同，但需根据分公司的用工主体资格和总公司的授权情况来确定。同时，劳动者在签订多份劳动合同时应谨慎考虑可能存在的法律风险和权益受损情况，并咨询专业法律顾问以确保自身权益得到保障。