仲裁后协商付款协议是有效的，但前提是该协议必须是双方真实意愿的体现，且不能违反法律法规的强制性规定。

分析说明：

1. 协议的有效性：

   • 仲裁裁决作出后，双方依然拥有通过协商来解决纠纷并达成新协议的权利。这体现了当事人对自身权利的自主处分。
   • 只要双方通过协商达成的付款协议是真实意愿的表达，且没有违反国家法律法规的强制性规定，那么该协议就具备法律效力。

2. 协议的履行：

   • 双方应当按照协议的约定履行各自的义务。如果一方违反了协议约定，另一方可以依据该协议主张自己的权利。
   • 协议的履行应当遵循诚实信用原则，任何一方都不能随意违背。

3. 协议的无效或可撤销情形：

   • 如果协议的内容存在欺诈、胁迫等不正当情形，或者协议的履行会违反公共利益等，那么该协议可能会被认定为无效或者可撤销。
   • 在这种情况下，协议的法律效力将受到影响，双方需要根据具体情况重新协商或者通过法律途径解决纠纷。

举例说明：

假设甲乙双方在仲裁后达成了一份付款协议，约定甲方在一个月内支付乙方一定金额的赔偿款。如果这份协议是双方真实意愿的表达，且没有违反法律法规的强制性规定，那么这份协议就是有效的。甲方应当按照协议的约定支付赔偿款，如果甲方违约，乙方可以依据该协议向法院提起诉讼，要求甲方履行协议并承担违约责任。

结论补充说明：

因此，在仲裁后协商付款时，双方应当认真对待协议的签订和履行，确保协议的内容真实、合法、有效。如果协议存在任何问题或者争议，应当及时咨询专业律师进行解决。