劳动能力鉴定申请公司盖章与不盖章的主要区别在于其法律效力和后续处理流程的顺畅性。

1. 盖章的必要性及法律效力：

   • 盖章的必要性：劳动能力鉴定结论只有加盖劳动能力鉴定委员会的印章才具备法律效力。这是因为劳动能力鉴定是用于确定职工因工伤或患病导致的劳动能力丧失程度的重要依据。
   • 法律效力的体现：鉴定机构给出鉴定结论后，依法加盖印章，代表该结论具有法定效力。若公司不盖章，这份鉴定结论的权威性和合法性就会被质疑，无法作为有效证据用于后续工伤待遇申领、劳动争议处理等相关事宜。

2. 对后续处理流程的影响：

   • 盖章后的顺畅处理：如果劳动能力鉴定结论上加盖了公司（通常是指用人单位）和劳动能力鉴定委员会的印章，那么职工在后续申领工伤待遇、处理劳动争议时，就能提供具有法定效力的证据，从而更顺利地维护自己的合法权益。
   • 不盖章可能导致的障碍：若公司不盖章，职工在申领工伤待遇或处理劳动争议时，可能会因为缺乏有效证据而面临困难。相关部门或法院可能要求职工提供其他证据来佐证其劳动能力丧失程度，这无疑会增加职工的维权成本和难度。

综上所述，劳动能力鉴定申请时公司盖章是必不可少的环节。它不仅能确保鉴定结论的法律效力，还能为职工后续处理工伤待遇申领、劳动争议等事宜提供有力支持。因此，建议职工在申请劳动能力鉴定时，务必确保公司能够配合盖章。如果公司拒绝盖章或存在争议，职工可以及时向劳动能力鉴定委员会或相关部门咨询并寻求帮助。