国有土地协议出让最低价是根据一系列因素综合计算得出的，它主要依据的是国家相关规定以及地方的具体实施标准。以下是对国有土地协议出让最低价计算方式的详细解释：
一、计算原则
- 不得低于规定标准：协议出让国有土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价。这通常包括新增建设用地的土地有偿使用费、征地（拆迁）补偿费用以及按照国家规定应当缴纳的有关税费之和。
- 与基准地价挂钩：在有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的70%。这是为了确保土地价格的合理性，防止国有资产流失。
二、计算要素
- 新增建设用地有偿使用费：这是指国家因新增建设用地而收取的费用，用于补偿国家因土地开发而失去的收益。
- 征地（拆迁）补偿费用：这是指因征地或拆迁而给予原土地使用者或房屋所有者的补偿费用，包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费等。
- 相关税费：这包括按照国家规定应当缴纳的各种税费，如耕地占用税、耕地开垦费、征地管理费等。
三、具体计算流程
- 确定地块信息：首先明确出让地块的具体位置、界址、用途、面积、年限等基本信息。
- 评估土地价格：根据地块信息，按照《城镇土地估价规程》的规定，对拟出让地块的土地价格进行评估。这一步骤通常由专业的土地评估机构进行。
- 确定出让底价：在评估结果的基础上，结合国家规定和地方标准，合理确定协议出让底价。底价不得低于协议出让最低价。
- 协商与确定价格：市、县人民政府国土资源行政主管部门与意向用地者就土地出让价格等进行充分协商，协商一致且议定的出让价格不低于出让底价的，方可达成协议。
四、注意事项
- 公开透明：协议出让土地行为应当接受社会监督，相关信息如地块位置、用途、意向用地者、价格、出让结果等都需要在指定场所或媒介上公布。
- 严格遵守规定：在协议出让过程中，必须严格遵守国家相关法律法规和规章制度，确保出让行为的合法性和合规性。
综上所述，国有土地协议出让最低价的计算是一个复杂而严谨的过程，它涉及到多个因素和环节。在实际操作中，需要依据国家相关规定和地方标准进行计算，并确保整个过程的公开透明和合法合规。