结论前置：主屋被抵押后，法院以物抵债处置是合法的。对于地下室，即便其有独立的产权证且未被抵押，但如果法院在综合考虑案件情况后，认为将其一并处置更为公平、合理，那么以物抵债处置地下室也是合法的。

分析说明：

1. 主屋抵押与处置：

   • 主屋被抵押，意味着债权人（如银行或其他金融机构）在主屋上设定了担保物权。当债务人无法履行债务时，债权人可以依据法律规定或合同约定，请求法院对抵押物进行处置，以清偿债务。
   • 法院以物抵债处置主屋，是依法行使司法权的表现，符合法律规定的程序和要求。

2. 地下室产权与处置：

   • 地下室有独立的产权证，表明其是独立于主屋的财产，具有独立的法律地位。
   • 地下室未被抵押，意味着在债务关系中，它并未作为担保物。
   • 然而，在司法实践中，法院在处置财产时，会综合考虑案件的整体情况，包括债务人的偿债能力、财产的价值、处置的便利性等。如果法院认为将地下室一并处置能够更公平、合理地解决债务纠纷，那么它有权这样做。

3. 合法性分析：

   • 法院的处置行为必须遵循法律规定的程序和要求，确保公正、公平、公开。
   • 在处置过程中，法院会充分考虑各方当事人的合法权益，确保处置结果的合法性和合理性。
   • 因此，即使地下室有独立的产权证且未被抵押，但如果法院在综合考虑案件情况后认为以物抵债处置是合适的，那么这一行为也是合法的。

总结：综上所述，主屋被抵押后法院以物抵债处置是合法的。对于地下室，即便其有独立的产权证且未被抵押，但法院在综合考虑案件情况后有权将其一并处置，且这一行为也是合法的。如果你对此类房产抵押或债务债权问题有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。