工程自然灾害导致的公路工程损失索赔，不一定执行投标单价。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同条款的约定

1. 合同明确约定：如果工程承包合同中明确规定了自然灾害导致的损失索赔应执行投标单价，那么按照合同约定执行即可。
2. 合同未明确约定：若合同中未对自然灾害导致的损失索赔作出具体规定，则需要根据相关法律法规及行业惯例进行协商处理。

二. 相关法律法规及行业惯例

1. 法律法规：根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，合同双方应遵循公平、公正的原则进行协商，合理确定损失赔偿金额。
2. 行业惯例：在公路工程建设行业中，对于自然灾害导致的损失索赔，通常会考虑实际损失情况、市场价格、投标单价等多种因素进行综合评估，而不仅仅依据投标单价。

三. 实际损失与投标单价的差异

1. 实际损失大于投标单价：如果自然灾害导致的实际损失远大于投标单价，仅按投标单价进行赔偿显然无法弥补承包方的全部损失，此时应依据实际损失进行索赔。
2. 实际损失小于或等于投标单价：在这种情况下，可以考虑按照投标单价或实际损失进行索赔，具体需双方协商确定。

综上所述，工程自然灾害导致的公路工程损失索赔，应根据合同条款、相关法律法规及行业惯例，并结合实际损失情况与投标单价的差异进行协商处理。我建议双方应秉持公平、公正的原则，充分沟通并协商确定合理的赔偿金额。如有进一步需要，您可以继续咨询我。