建行公积金卡补办后卡号变更，信用卡逾期不会自动从新卡中扣款。以下是对此问题的详细分析：

一. 公积金卡与信用卡的关联关系

1. 公积金卡和信用卡虽然都是银行发行的卡片，但它们在功能和用途上是完全独立的。公积金卡主要用于公积金的缴存和提取，而信用卡则用于消费和透支。
2. 两者之间的扣款机制也是独立的，公积金卡的补办和卡号变更不会影响到信用卡的扣款。

二. 信用卡逾期的扣款方式

1. 信用卡逾期后，银行会根据事先与持卡人约定的还款方式（如自动还款、手动还款等）进行扣款。
2. 如果持卡人设置了自动还款，且绑定的还款账户是信用卡账户本身或者其他有效的银行账户，那么逾期后银行会从这些账户中扣款。
3. 但公积金卡并不是信用卡的还款账户，因此即使公积金卡补办后卡号变更，也不会影响到信用卡的逾期扣款。

三. 实际生活中的例子

• 例如，某人拥有一张建行公积金卡和一张建行信用卡。如果他的公积金卡丢失并补办了新卡，卡号发生了变化，但这并不会影响他信用卡的还款。他的信用卡仍然会按照之前设定的还款方式进行扣款，与公积金卡的卡号变更无关。

综上所述，建行公积金卡补办后卡号变更，并不会影响信用卡的逾期扣款。信用卡的扣款主要依赖于持卡人设定的还款方式和绑定的还款账户，与公积金卡无直接关联。如有进一步需要，您可以继续咨询我。