可以对曾经挂靠的车辆进行处罚，但具体责任分担需根据实际情况判断。
在车辆挂靠关系中，如果挂靠车辆发生了违规行为，确实可能会面临处罚。不过，处罚的对象和责任分担需要根据具体情况来分析。
挂靠单位作为行政处罚的直接相对方：
- 挂靠单位作为车辆的名义所有人，通常会成为行政处罚决定书上的被处罚对象。因此，挂靠单位在收到处罚决定书后，有义务按时缴纳罚款。
实际责任人的责任：
- 虽然挂靠单位可能需要先行承担罚款，但如果挂靠协议中有明确约定，或者根据相关法律法规，实际责任人（如挂靠车辆的司机或实际车主）也需要承担相应责任。在这种情况下，挂靠单位在缴纳罚款后，有权向实际责任人追偿。
挂靠协议的重要性：
- 挂靠协议是明确挂靠单位与实际责任人之间权利与义务的关键文件。在签订挂靠协议时，双方应详细约定车辆运营合规性要求及因违规产生的责任分担机制。这有助于在发生违规行为时，快速明确责任，减少纠纷。
具体案例：
- 以一起运输公司与司机因挂靠产生的罚款纠纷案为例，法院在审理过程中，既考虑了挂靠单位作为行政处罚直接相对方的责任，也考虑了实际责任人（司机）作为车辆实际运营者的责任。最终，通过调解，双方就返还金额做出让步，达成了和解。
综上所述，对于曾经挂靠的车辆，如果发生违规行为，是可以进行处罚的。但具体责任分担需要根据挂靠协议、相关法律法规以及实际情况来判断。如果你在这方面有具体的法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。