职工有知情权。单位在使用职工的残疾证进行抵税时，涉及到了职工的个人信息和权益，因此职工有权知晓这一情况。以下是对这一结论的详细解释：
从法律权益角度看：职工的残疾证是其个人重要的身份和权益证明，单位在使用这一证件进行任何操作，特别是涉及税务减免等经济利益时，必须充分尊重和保障职工的知情权。职工有权了解单位是如何使用其个人信息的，以及这一使用是否合法、合规。
从信息透明角度看：单位在使用职工的残疾证抵税时，应该向职工明确说明使用的目的、方式和范围，以及可能带来的法律后果。这不仅是对职工知情权的尊重，也是单位履行信息透明义务的表现。通过公开透明的方式，可以增强职工对单位的信任感，促进双方的良好合作。
从实际操作角度看：单位在申请税务减免时，通常需要提供相关的证明材料，包括职工的残疾证等。在这一过程中，单位应该与职工进行充分沟通，明确告知职工其残疾证将被用于抵税，并征得职工的同意。如果单位未经职工同意擅自使用其残疾证进行抵税，可能会引发法律纠纷和信任危机。
综上所述，单位在使用职工的残疾证进行抵税时，必须充分尊重和保障职工的知情权。职工有权了解单位是如何使用其残疾证的，以及这一使用是否合法、合规。如果单位未履行这一义务，职工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。