关于“使用违禁药物涉刑事案件家畜由谁处理”的问题，首先我们要明确的是，当家畜因使用违禁药物而涉嫌刑事案件时，其处理不仅涉及刑事法律程序，还可能牵涉到行政法规的适用。以下是对此问题的详细解答：

1. 刑事案件处理流程：

   • 在刑事案件中，若家畜因使用违禁药物而被查，首先会由公安机关进行立案调查。
   • 调查过程中，若家畜被认定为涉案物品，可能会作为证据被扣押。
   • 案件进入审判阶段后，法院会根据案情及法律规定，对涉案家畜作出相应处理决定，可能包括没收、销毁等。

2. 行政法规的适用：

   • 同时，根据《兽药管理条例》等相关行政法规，使用违禁药物的家畜及其产品通常需要进行无害化处理。
   • 无害化处理是指通过物理、化学或其他方法，消除家畜及其产品中的有害物质，防止其对社会造成危害。
   • 在本案例中，安龙县农业农村局就对涉案的家畜进行了无害化处理，并依据《兽药管理条例》对养殖场进行了行政处罚。

3. 处理主体的确定：

   • 在刑事案件中，涉案家畜的处理主体通常是法院，根据案件判决结果来决定家畜的最终去向。
   • 在行政法规的框架下，家畜的无害化处理则通常由农业行政主管部门或相关执法机构负责执行。

综上所述，使用违禁药物涉刑事案件的家畜，其处理主体和方式会根据案件性质及法律规定而有所不同。在刑事案件中，法院是最终的处理主体；而在行政法规的适用中，农业行政主管部门或相关执法机构则负责家畜的无害化处理。因此，具体处理还需根据案件实际情况及法律规定来确定。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。