关于“使用违禁药物涉刑事案件犯罪证据家畜处置由谁决定”的问题，首先我们需要明确的是，这个问题涉及到刑事案件中证据的处理以及家畜的处置两个主要方面。

一、刑事案件中证据的处理

在刑事案件中，证据的处理必须严格遵循法律程序。对于使用违禁药物涉及的刑事案件，相关证据（包括家畜作为证据的一部分）的收集、保存、检验和处置都应当由公安机关、检察机关或法院等司法机关依法进行。这些机关会根据案件的具体情况和需要，决定证据的处置方式，如扣押、封存、检验或销毁等。

二、家畜的处置

1. 作为证据的家畜：

   • 如果家畜作为案件的直接证据或重要线索，其处置将受到司法机关的严格控制。在案件调查、审理过程中，司法机关会根据需要决定家畜的临时保管、检验或最终处置方式。
   • 若家畜作为违禁药物的载体或工具，其处置可能涉及销毁、封存或其他司法措施，以确保案件证据的完整性和有效性。

2. 非证据性质的家畜：

   • 如果家畜并非案件的直接证据，但其与案件有关联（如作为犯罪嫌疑人的财产），司法机关在必要时也可能采取相应措施进行保管或处置。
   • 在这种情况下，家畜的处置将遵循相关法律规定，并确保合法、公正、合理。

三、综合结论

综上所述，使用违禁药物涉刑事案件中家畜的处置，主要由司法机关（如公安机关、检察机关、法院）根据案件的具体情况和需要来决定。这些机关会依法对家畜进行处置，以确保案件的公正审理和证据的完整有效。因此，具体的处置方式和决定权应归属于依法负责该案件的司法机关。