垂管单位工作人员职务犯罪案件，一般由设区的市级人民检察院立案侦查，也可以由基层人民检察院立案侦查。针对这一问题，以下是对相关规定的详细解析：

一. 立案侦查的级别管辖

• 根据《人民检察院刑事诉讼规则》第十三条，人民检察院在对刑事诉讼实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪案件，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理立案侦查的，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
• 垂管单位工作人员职务犯罪案件，属于上述由人民检察院立案侦查的范畴，且一般由设区的市级人民检察院立案侦查，也可以由基层人民检察院立案侦查。这是基于案件性质、级别管辖以及侦查效率等因素的综合考量。

二. 特殊情况的管辖

• 在某些特殊情况下，如案件涉及更高层级的垂管单位工作人员，或者案件影响重大、复杂，可能需要由更高层级的人民检察院进行立案侦查。此时，应根据具体案件情况，按照相关法律规定和程序，由相应层级的人民检察院进行管辖。

综上所述，垂管单位工作人员职务犯罪案件的办理，应遵循相关法律规定和程序，由设区的市级人民检察院或基层人民检察院立案侦查。在具体办理过程中，应确保案件处理的公正、高效和权威。如有进一步需要，您可以继续咨询我。