农民工工资被扣是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动报酬的权利，用人单位应当按照约定及时足额支付劳动者的工资。下面我详细解释一下：

1. 合法扣减工资的情况：

   • 社保和公积金：用人单位可以依法从工资中扣减劳动者个人应缴纳的社会保险费和住房公积金。
   • 个税：根据税法规定，从工资中扣减个人所得税。
   • 因个人原因造成的损失：如果劳动者因工作失误给用人单位造成了损失，用人单位可以根据合同约定让劳动者赔偿，但每月扣减的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。
   • 违反纪律或规章制度的罚款：如果劳动者违反了劳动纪律或用人单位已经明确规定的规章制度，用人单位可以依法对劳动者进行罚款，但罚款的金额和程序必须合理，且需事先告知劳动者。

2. 非法扣减工资的情况：

   • 用人单位不得无故克扣或者拖欠劳动者的工资。
   • 用人单位不得将工资作为押金或保证金。
   • 用人单位不得随意找理由扣减劳动者的工资。

如果农民工的工资被非法扣减，可以通过以下途径维护自己的权益：

• 首先，可以与用人单位协商，要求补发被扣的工资。
• 其次，可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门依法进行调查处理。
• 再者，如果协商和投诉均无法解决问题，可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 最后，如果劳动仲裁结果仍不满意，还可以依法向人民法院提起诉讼。

总之，农民工的工资受法律保护，任何单位或个人都不得非法扣减。如果遇到工资被扣的情况，应依法维权，保护自己的合法权益。