甲方工程手续有问题，包工头在一般情况下并不直接承担责任。下面我将从几个角度详细分析这个问题：

1. 合同关系的独立性：

   • 在建设工程中，甲方（通常指发包方）与包工头（或施工队、承包商等）之间是通过合同建立关系的。如果甲方工程手续存在问题，这主要反映的是甲方在项目管理、审批手续等方面的责任。
   • 包工头的主要责任是按照合同约定完成施工任务，并确保施工质量。除非合同中有明确约定包工头需要对甲方的工程手续进行审核或负责，否则包工头不因甲方手续问题而承担责任。

2. 法律责任的划分：

   • 根据相关法律法规，建设工程需要办理一系列审批手续，如规划许可、施工许可等。这些手续是甲方的责任，包工头通常不参与这些手续的办理。
   • 如果因甲方手续不全导致工程被停工、罚款或产生其他法律后果，这些责任应由甲方承担。包工头只有在违反合同约定或法律法规的情况下，才会承担相应的法律责任。

3. 实际情况的考量：

   • 当然，在实际操作中，包工头可能会因为与甲方的合作关系而间接受到一些影响，比如工程停工可能导致包工头的人工、材料等成本增加。但这并不意味着包工头对甲方手续问题有直接责任。
   • 包工头可以通过与甲方协商、寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益，并尽可能减少因甲方手续问题给自己带来的损失。

综上所述，甲方工程手续有问题时，包工头在一般情况下并不直接承担责任。但包工头应密切关注甲方的工程手续情况，以确保自己的施工活动不受影响。如果遇到相关问题，可以及时向我咨询，我会提供专业的法律建议和支持。