水利工程合同监督检查办法属于部门规章。具体分析如下：

一. 法律层级判断

1. 法律法规体系：在我国的法律体系中，法律由全国人民代表大会及其常务委员会制定，行政法规由国务院制定，部门规章由国务院各部、委员会、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构制定。
2. 办法的制定主体：根据《水利部水利工程运行管理监督检查办法》的制定背景，该办法是由水利部制定的，用于规范水利工程运行管理的监督检查行为。
3. 法律层级归属：由于水利部是国务院的组成部门，其制定的规范性文件在法律层级上属于部门规章。

二. 相关法律依据

• 《中华人民共和国立法法》：该法明确规定了法律、行政法规、地方性法规、部门规章等规范性文件的制定主体和程序，为判断《水利部水利工程运行管理监督检查办法》的法律层级提供了法律依据。

综上所述，《水利部水利工程运行管理监督检查办法》在法律层级上属于部门规章，是由水利部根据相关法律法规制定，用于规范水利工程运行管理的监督检查行为的规范性文件。如有进一步需要，您可以继续咨询我。