一切罚款不能直接从进度款中扣除。以下是对此问题的详细分析：

一. 罚款与进度款的性质不同

1. 罚款的性质：罚款通常是由于违反合同规定或法律法规而由一方对另一方施加的惩罚性措施。它具有惩罚性，旨在督促合同双方严格遵守约定。
2. 进度款的性质：进度款是根据合同进度和完成情况，由发包方支付给承包方的款项。它是合同履行的一部分，用于保障承包方的合法权益和项目的顺利进行。

• 例如，若一个建筑项目中，承包方因延误工期而被罚款，但这并不能直接作为不支付或扣减进度款的理由。因为罚款是针对延误工期的违约行为，而进度款是针对已完成工程部分的支付。

二. 合同法的相关规定

根据《合同法》的相关规定，合同双方应当严格履行合同义务，并按照约定的方式、时间和地点支付款项。如果一方违反合同约定，另一方有权要求其承担违约责任，但并不能直接以此为由扣减或拒绝支付合同约定的款项。

三. 正确的处理方式

1. 罚款的支付：罚款应当按照合同约定的方式和时间单独支付，不能与进度款混为一谈。
2. 进度款的支付：发包方应当按照合同约定的进度和完成情况，及时、足额地支付进度款，以保障承包方的合法权益和项目的顺利进行。

我建议：在实际操作中，合同双方应当明确区分罚款和进度款的性质，并严格按照合同约定的方式和时间进行支付。如果发生争议，应当及时协商处理，或者通过法律途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。