招标人和招标代理公司存在关联关系时，招标人需要回避，不得参加该项目的投标。以下是具体的法律分析：

一. 关联关系影响招标公正性

• 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。在此情况下，招标人若与招标代理公司存在关联关系，便可能被视为存在利害关系，进而影响招标的公正性。

二. 具体情形解读

• 该条例还明确规定，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。若招标人与招标代理公司之间存在这样的控股、管理关系，或单位负责人为同一人，则招标人必须回避。

三. 违反规定的后果

• 若招标人违反上述规定参与投标，根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条的规定，相关投标将无效。这不仅浪费了资源，还可能对招标项目的顺利进行造成不利影响。

综上所述，当招标人与招标代理公司存在关联关系时，为确保招标的公正性和项目的顺利进行，招标人应主动回避，不得参与该项目的投标。如有进一步需要，您可以继续咨询我。