关于工程包工头是否可以与农民工签订工程承包协议的问题，首先我们要明确一点：在法律上，劳动合同的签订有严格的主体要求。

根据相关法律法规，劳动合同必须由具备用工主体资格的用工单位与农民工本人直接签订。这意味着，包工头作为个人，并不具备用工主体资格，因此不能作为用工主体与农民工签订劳动合同或工程承包协议。

包工头在建筑工地上通常扮演着组织和管理工人的角色，但他们并不具备法律上的用工主体资格。如果包工头与农民工签订所谓的“工程承包协议”，这种协议在法律上可能是无效的，无法为双方提供有效的法律保障。

为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议农民工直接与具备用工主体资格的劳务公司或建筑企业签订劳动合同。这样，农民工的权益可以得到更好的保障，一旦出现问题，也有更明确的法律途径来维护自己的权益。

综上所述，工程包工头不能与农民工签订工程承包协议。农民工应该选择与具备用工主体资格的用工单位签订劳动合同，以确保自己的合法权益得到有效保障。