部门在一定条件下是有权利扣除员工当月绩效的。但这一权利的行使并非随意，而是需要遵循一定的规则和程序。

首先，从法律角度来看，绩效工资的扣除通常会在劳动合同或公司的规章制度中有所规定。如果合同中明确约定了绩效不达标可以扣除相应工资，或者公司规章制度中经过了民主程序制定并公示了相关扣除规定，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么部门就有权根据这些规定扣除员工的当月绩效。

其次，扣除绩效应当基于公正、合理的评估。部门在扣除员工绩效前，应当对员工的工作表现进行客观、全面的评估，确保扣除的合理性。如果扣除缺乏依据或存在不公平现象，员工有权提出异议并寻求法律途径维护自己的权益。

此外，还需要注意的是，扣除绩效不能违反法律法规的底线。例如，扣除后的工资不能低于当地的最低工资标准，也不能违反劳动法关于工资支付的相关规定。

综上所述，部门在符合法律法规和公司规章制度的前提下，是有权利扣除员工当月绩效的。但这一权利的行使应当谨慎、公正，并确保不违反法律法规的强制性规定。如果员工对扣除绩效有异议，建议及时与部门沟通并寻求法律途径解决。