当农村土地被政府占用时，农民可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：

一、确认占用性质并保留证据

1. 核实占用合法性：

   • 首先，要检查政府占用土地是否有合法的审批手续和公告。
   • 要求政府或相关部门出示征地批文、农用地转用审批等文件，以确认占用行为的合法性。

2. 收集证据：

   • 及时收集和保存土地承包合同、土地使用证、权属证明等文件。
   • 对土地被占用的现场进行拍照、录像，记录侵占的时间、地点、范围等情况。
   • 这些证据将为后续维权提供有力支持。

二、与政府协商争取合理补偿

1. 了解补偿标准：

   • 若占用合法，应了解并核对当地政府发布的土地补偿标准。
   • 补偿通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等。

2. 提出补偿要求：

   • 与政府或相关部门进行协商，明确提出合理的补偿要求。
   • 争取签订书面补偿协议，明确补偿细节和支付方式。

三、寻求政府部门帮助与调解

1. 向基层组织反映：

   • 若与政府协商无果，可向乡镇政府、街道办事处或农村土地承包经营纠纷调解委员会申请调解。

2. 向自然资源部门投诉：

   • 对于非法占用行为，可向当地自然资源部门投诉，请求其调查核实并依法处理。

3. 申请协调裁决：

   • 对政府征收补偿方案不满意时，可按规定申请协调。
   • 协调不成时，可依法申请裁决或行政复议。

四、法律途径维权

1. 行政复议与诉讼：

   • 认为政府行为侵犯合法权益时，可在规定期限内向上一级行政机关申请行政复议。
   • 复议不满时，可依法提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

2. 民事诉讼：

   • 若为非法占用且政府未能有效处理，可直接向人民法院提起民事诉讼。
   • 要求停止侵权、返还土地并赔偿损失。

3. 注意诉讼时效：

   • 诉讼时效一般为三年，从知道或应当知道权利被侵害之日起算。
   • 务必在诉讼时效内采取行动，以免丧失法律权利。

五、其他注意事项

1. 保持冷静理智：

   • 在处理土地纠纷时，保持冷静和理智，避免矛盾激化。

2. 寻求法律援助：

   • 如需专业法律帮助，及时向当地法律援助中心或律师事务所咨询。

综上所述，农民在土地被政府占用时，应通过确认占用性质、保留证据、与政府协商、寻求政府帮助、法律途径维权等多方面努力来维护自己的合法权益。务必保持冷静和理智，依法依规进行维权。