合同中不能规定员工自离就扣除工资。下面我将从法律角度为您详细解释这一点：

1. 劳动者付出劳动应获得报酬的权利：

   • 根据《劳动合同法》第三十条，用人单位有义务按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一原则不受劳动者离职方式的影响，即无论劳动者是主动辞职、被辞退还是自动离职，只要其实际提供了劳动，就有权获得相应的工资。

2. 自离行为的法律后果：

   • 虽然自离行为可能违反了劳动合同的约定或用人单位的规章制度，但这并不意味着用人单位可以拒绝支付工资。用人单位可以从劳动者的工资中扣除部分作为赔偿的前提是，劳动者的自离行为给用人单位造成了经济损失，并且这种扣除必须有合理的依据和计算标准。

3. 工资扣除与赔偿的独立性：

   • 工资支付与赔偿损失是两个独立的问题。用人单位在因劳动者自离而遭受经济损失时，虽然有权要求劳动者进行赔偿，但这种赔偿应当基于实际损失和合理的计算标准，并且不能与工资支付混为一谈。

4. 法律建议：

   • 如果用人单位在员工自离后拒绝支付工资或不合理地扣除工资，劳动者可以通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
   • 在处理这类问题时，双方应遵循法律法规的规定，确保权益得到合理保护。如果发生争议，建议通过法律途径解决，并提供充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，合同中不能规定员工自离就扣除工资，因为劳动者自动离职并不意味着用人单位可以拒绝支付其工资。用人单位应当按照劳动者实际工作的天数和双方约定的工资标准支付相应的劳动报酬。如果劳动者的自离行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求劳动者进行赔偿，但这与工资支付是两个独立的问题。