信用卡逾期三个月以上还款并非优先抵扣本金。

在信用卡逾期还款的情况下，通常会先行扣除所产生的利息费用。若偿还的款项不足以覆盖全部债务额度，需首先偿还所收取的利息，然后再偿还本金部分。这是根据《中华人民共和国民法典》第六百七十条的规定，即借款的利息不得预先在本金中扣除，利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。

具体来说，如果你的信用卡逾期超过三个月，并且你进行了一部分还款，但还款金额不足以清偿全部债务，那么这部分还款会优先用于支付利息，剩余部分才会用于抵扣本金。因此，并不是优先抵扣本金，而是优先支付利息。

在处理信用卡逾期问题时，建议你尽快与银行协商，寻求合适的还款方案，以避免利息和违约金的不断累积，减轻你的还款压力。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。