海事部门颁发的水上水下施工许可证是由《中华人民共和国航道法》和《中华人民共和国港口法》等相关法律法规规定的。具体分析如下：

一. 法规依据

1. 《中华人民共和国航道法》：该法规定了航道的规划、建设、养护、保护以及航道的管理等相关内容。对于涉及航道的水上水下施工活动，必须依法取得相应的施工许可，以确保施工活动不影响航道的正常功能和安全。

2. 《中华人民共和国港口法》：该法规定了港口的规划、建设、维护、经营和管理等内容。对于在港口区域进行的水上水下施工活动，同样需要依法办理施工许可证，以保障港口的安全和正常运行。

二. 许可证的颁发与管理

• 海事部门作为水上交通安全和防止船舶污染的主管机关，负责水上水下施工许可证的颁发和管理工作。
• 申请人需按照相关法律法规的要求，准备并提交完整的申请材料，包括施工项目的具体情况、范围、地点、时间等关键信息，以及施工单位的资质证书、安全施工方案等技术文件。
• 海事部门将对申请材料进行审查，必要时进行现场勘查和技术评估，以确保施工活动的合法性和安全性。
• 经审查合格的，海事部门将颁发水上水下施工许可证，明确施工的时间、地点、范围及应遵守的安全规定等。

综上所述，海事部门颁发的水上水下施工许可证是依据《中华人民共和国航道法》和《中华人民共和国港口法》等相关法律法规而设立的，旨在确保水上水下施工活动的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。