公司扣病假工资是否合法，需根据具体情况判断。关键在于扣款行为是否符合法律规定及劳动合同约定，且扣款后工资不得低于当地最低工资标准的80%（香港地区除外，香港地区有单独规定）。
合法情况：
- 法律依据：根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，该费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。
- 劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了病假期间的扣款方式及比例，并且这些规定符合法律法规（即扣款后工资不低于最低工资标准的80%），那么按照合同约定进行扣款是合法的。
- 规章制度：若单位依法制定的规章制度中明确规定了请病假的扣薪标准，且该标准不低于当地最低工资标准的一定比例（通常为80%），同时规章制度的制定经过了民主程序并向劳动者公示，企业按照规章制度扣减病假工资也是合法的。
不合法情况：
- 未支付或低于标准：未支付任何病假工资，或扣款后工资低于当地最低工资标准的80%。
- 无约定或违规扣款：劳动合同或规章制度中无相关约定却擅自扣款，或规章制度未经公示或告知劳动者即执行扣款。
- 其他违法行为：如企业无故克扣员工应得的工资（如全勤奖、按事假标准扣工资等）。
劳动者应对措施：
- 证据收集：劳动者应妥善保存劳动合同、病假证明、工资条或银行流水等记录，作为维权时的关键证据。
- 协商与投诉：首先尝试与用人单位进行沟通协商，要求纠正不合法的扣款行为。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。
- 劳动仲裁与诉讼：如劳动监察部门未能解决问题，劳动者可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
特别说明（针对香港地区）：
- 在香港，雇佣条例中并未明确规定病假与年假的抵扣关系。雇主不能随意以年假抵消病假，且雇主无故放年假可能面临罚款风险。
- 香港打工人请病假时，若病假天数少于4天，雇主有权选择不支付工资（No Pay），但并非必须扣年假。
- 若满足领取疾病津贴的资格（如病假多于连续4天或累积足够有薪病假等），雇主需支付五分之四的疾病津贴。
综上所述，公司扣病假工资是否合法需综合考虑多种因素。劳动者在面对不合理的扣款时，应积极采取措施保护自己的合法权益。如有具体法律问题或疑问，可直接向我咨询。