施工许可证管理办法不适用于违法建筑。下面我从几个方面来详细解释这个问题：
施工许可证的适用范围：
- 根据《建筑工程施工许可管理办法》的规定，该办法适用于在中华人民共和国境内从事各类房屋建筑及其附属设施的建造、装修装饰和与其配套的线路、管道、设备的安装，以及城镇市政基础设施工程的施工。建设单位在开工前需要向工程所在地的县级以上人民政府住房城乡建设主管部门申请领取施工许可证。
违法建筑的定义：
- 违法建筑通常指的是未取得合法建设手续或者违反相关法律法规规定而擅自建设的建筑物或构筑物。这类建筑在建设过程中往往没有遵循法定的审批程序，因此无法取得施工许可证。
施工许可证与违法建筑的关系：
- 由于违法建筑本身就不符合法定的建设程序，因此它们无法也不适用施工许可证管理办法。对于违法建筑，相关部门会依法进行查处，并要求拆除或者采取其他相应的法律措施。
法律后果：
- 对于未取得施工许可证擅自施工的行为，根据《建筑工程施工许可管理办法》的规定，发证机关有权责令停止施工，并对建设单位和施工单位分别处以罚款。而对于违法建筑，除了可能面临罚款外，还可能被要求拆除，甚至承担刑事责任。
综上所述，施工许可证管理办法是针对合法建设项目的，而违法建筑由于本身的非法性，无法也不适用该办法。如果你在实际生活中遇到了相关问题，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。