公司通过银行转账方式支付员工工资是合法的。下面我将从法律依据、直接转账的普遍性与优势、特殊违法情况警示以及其他法律规定遵循等方面进行详细解释。

1. 法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位有权选择将工资支付给劳动者本人，包括通过银行代发的方式。这明确了公司采用银行转账支付工资的合法性。

2. 直接转账的普遍性与优势：

   • 在实际操作中，许多公司都选择通过银行转账的方式发放工资。这种方式既符合现代支付习惯，也便于管理和记录。
   • 对企业而言，银行转账提高了财务工作效率，有利于成本核算和税务申报；对员工而言，工资直接到账避免了现金保管的风险，且方便查询工资明细，保障了知情权。

3. 特殊违法情况警示：

   • 尽管直接转账发工资本身合法，但若公司利用此方式刻意规避法律义务，则可能构成违法。例如，逃避纳税义务或规避社保缴纳，这些行为都违反了相关法律法规。

4. 其他法律规定遵循：

   • 公司在处理员工工资时，还需确保支付周期、支付方式等符合当地劳动法规的要求。
   • 同时，应严格保护员工的个人信息安全，避免信息泄露或滥用。

综上所述，公司采用银行转账方式直接支付员工工资，在遵守相关法律法规的前提下，是合法且有效的支付方式。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。