公司发工资通过个人转账的方式，其合法性需结合具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法情况
小型企业或个体工商户的常见操作：
- 对于一些经营规模较小、人员较少的小型企业或个体工商户，由于财务制度可能不够完善，企业主使用私人账户给员工发放工资，在按照规定代扣代缴个人所得税，并如实进行财务记录和税务申报的情况下，是合法的。例如，一家小型餐馆的老板通过个人账户给员工发工资，并依法纳税和记录，这种操作是合规的。
特殊情况下的临时安排：
- 如遇银行账户被冻结、系统故障等特殊情况，企业为确保员工工资按时发放，可能会临时采用私人账户转账。只要事后及时恢复正常的工资发放渠道，并做好相关财务处理和税务申报，这种临时安排也是合法的。
劳动合同与实际情况的结合：
- 虽然劳动合同中通常规定公司承担支付工资的义务，但在特殊情况下，如公司账户出现问题，使用私人账户发放工资，只要符合实际情况并上报相关部门，且遵循财务流程，也不构成违法。
二、违法情况
逃避税务义务：
- 企业通过私人账户发放部分或全部工资，以规避税务申报和缴纳，导致员工应税收入减少，企业也少缴税款，这种行为违反了《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税漏税，需承担相应的法律责任，包括补缴税款、滞纳金及罚款，甚至可能面临刑事责任。
侵害员工权益：
- 使用私人账户发工资可能影响员工的社保缴纳基数，导致社保权益受损。同时，这种支付方式也不利于员工在劳动纠纷中证明劳动关系和工资数额，从而损害了员工的合法权益。这种行为违反了《中华人民共和国社会保险法》等相关规定。
违反财务管理制度：
- 企业财务制度和会计准则要求资金往来应通过对公账户进行，以保证财务透明度和规范性。使用私人账户发工资可能导致企业财务账目混乱，难以进行有效的财务管理和审计监督，违反了《中华人民共和国会计法》等相关法律法规。
三、合规建议
采用正规途径：
- 公司应优先采用银行转账等正规途径发放工资，确保工资支付的安全、便捷和可追溯性。这有助于维护企业的财务秩序和员工的合法权益。
完善财务制度：
- 建立健全财务制度，明确工资发放流程，避免使用私人账户进行工资支付。这有助于确保企业财务的透明度和合规性。
加强税务申报：
- 依法履行纳税义务，按照税法规定进行税务申报和缴纳，避免逃税行为。这有助于维护国家的税收秩序和企业的良好形象。
保障员工权益：
- 尊重并保障员工的合法权益，确保工资按时足额支付，避免损害员工利益的行为。这有助于增强员工的归属感和忠诚度，促进企业的长期发展。
保留相关证据：
- 如确需采用私人转账方式发放工资（如特殊情况下的应急处理），应保留相关证据，如转账记录、聊天记录等，以备不时之需。这有助于在发生劳动纠纷时提供有力的证据支持。
总结来说，公司发工资通过个人转账的方式在符合财务规范、税务法规及不损害员工权益的前提下是可被允许的；但若以此逃避税务、侵害员工权益或违反财务管理制度，则属于违法行为。因此，建议公司尽量采用正规的银行转账方式发放工资，以确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。