工程项目异议和答疑的主要区别在于其性质、提出时机及处理方式的不同。以下是详细分析：

一. 异议与答疑的性质

1. 异议：异议是对招标文件、招标过程或中标结果等存在的不符合法律法规或招标文件规定的情形，向招标人提出的不同意见。它本质上是对某一事项的不认同或质疑，需要招标人进行正式回应和处理。

2. 答疑：答疑则是在招标过程中，投标人对招标文件中的不明确或疑问之处向招标人提出的询问，目的是为了获取更清晰的解释或说明，以便更好地准备投标文件。它更多是一种信息交流和澄清的过程。

二. 提出时机

1. 异议：异议的提出通常是在招标活动的特定阶段，如招标文件异议需在投标截止时间10日前提出，开标异议需在开标现场提出，评标结果异议需在中标候选人公示期间提出。

2. 答疑：答疑则通常发生在招标文件发布后至投标截止前的任何时间，只要投标人有疑问，就可以向招标人提出。

三. 处理方式

1. 异议：异议的处理需要招标人按照法定程序进行接收、审查、调查核实，并作出处理决定。处理结果需要书面答复异议人，并说明处理结果及依据。如果异议人对处理结果不满意，还可以向行政监督部门投诉。

2. 答疑：答疑的处理则相对简单，招标人只需对投标人的疑问进行解释或说明，无需进行复杂的调查和处理。答疑的目的是为了帮助投标人更好地理解招标文件，确保投标的公平性和公正性。

我建议在实际操作中，投标人和招标人都应明确异议和答疑的区别，按照法定程序和要求进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。