雨水分离工程对商户影响若造成损失，一般是有赔偿的。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，因施工造成他人损害的，施工人应当承担侵权责任。如果雨水分离工程的施工对商户的正常经营造成了影响，甚至导致了经济损失，那么施工方应当承担相应的赔偿责任。

2. 赔偿范围：

   • 赔偿通常包括商户因施工而遭受的直接经济损失，如营业中断、货物损坏等。
   • 在某些情况下，如果施工导致商户的商誉受损或客户流失，这些间接损失也可能被纳入赔偿范围，但具体赔偿数额和范围需要根据实际情况和法律规定来确定。

3. 赔偿程序：

   • 商户首先需要与施工方进行协商，尝试达成赔偿协议。
   • 如果协商无果，商户可以通过法律途径来维护自己的权益，包括向法院提起诉讼或申请仲裁。

4. 建议：

   • 商户在施工初期就应密切关注施工进度和影响，及时与施工方沟通并收集相关证据。
   • 如果发现施工对自己的经营造成了实质性影响，应尽快咨询专业律师，了解自己的权益和可能的赔偿途径。

综上所述，雨水分离工程对商户造成影响若导致损失，商户是有权要求赔偿的。在具体操作中，建议商户与施工方保持沟通，并咨询专业律师以获取更详细的法律建议。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。