商户索赔是否合法，需结合具体情况判断，但商户在符合法定条件下有权主张赔偿。以下从不同角度为您详细分析：
一、政府行为的合法性审查
政府进行雨污分流工程，通常属于公共利益项目，具有合法性和正当性。然而，政府在实施此类工程时，必须遵循法定程序，包括但不限于环境影响评估、公众参与、规划审批等。若政府行为存在程序违法或实体违法（如未取得合法施工许可、未按照规划施工等），则可能构成对商户合法权益的侵害，商户有权主张赔偿。
二、商户合法权益的界定
商户的停车场经营权属于其合法权益范畴。政府工程若导致停车场无法正常使用，如占用停车场、限制车辆进出等，直接影响了商户的经营活动，造成了经济损失，商户有权要求赔偿。这种赔偿请求权基于《民法典》中关于侵权责任的规定，即因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
三、赔偿的法律依据与条件
法律依据：
- 《民法典》第一千一百六十五条：“行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。”
- 若政府行为被认定为行政行为，且该行为违法或不当，商户还可依据《行政诉讼法》等相关法律，通过行政诉讼途径寻求救济。
赔偿条件：
- 因果关系：商户需证明政府工程与其停车场经营受损之间存在直接的因果关系。
- 损失证明：商户需提供充分的证据证明其因政府工程遭受的具体经济损失，如收入减少、额外支出等。
- 政府过错：在行政诉讼中，商户还需证明政府行为存在违法或不当之处。
四、实务建议
- 收集证据：商户应尽快收集与政府工程相关的所有文件、通知、照片、视频等证据，以及自身经济损失的详细记录。
- 协商解决：在证据充分的基础上，商户可尝试与政府相关部门进行协商，寻求和解或补偿方案。
- 法律途径：若协商无果，商户可咨询专业律师（如我），评估诉讼风险，并考虑通过行政诉讼或民事诉讼途径维护自身权益。
五、特殊情况考虑
- 政府行为合法但造成损害：即使政府行为合法，若因执行过程中的疏忽或管理不当导致商户受损，商户仍可能基于公平原则或政府承诺获得一定补偿。
- 不可抗力因素：若政府工程因不可抗力（如自然灾害）导致延误或变更，且政府已尽合理注意义务，商户的赔偿请求可能难以得到支持。
商户在符合法定条件下有权主张赔偿，但具体能否获得赔偿以及赔偿的数额，需根据政府行为的合法性、商户损失的具体情况以及相关法律法规的综合判断。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。