一般情况下，劳动关系不确定确实难以直接进行工伤认定。因为确认劳动关系是工伤认定的前提条件之一，需先明确劳动者与单位存在劳动关系，才能确定工伤责任主体。劳动行政部门在受理工伤认定申请时，会查看劳动关系证明材料，若无证据证明存在劳动关系，申请可能不被受理。

不过，也存在一些特殊情况。比如，在某些特殊行业如建筑施工、矿山企业等，即使劳动者未与发包方直接确立劳动关系，但在从事承包业务时因工伤亡的，也可能由具备用工主体资格的发包方承担用工主体责任，从而认定工伤。另外，如果单位对劳动关系无异议，劳动行政部门或许也能直接认定工伤。

若双方对劳动关系存在争议，则需先通过劳动仲裁等程序确认劳动关系，比如提供劳动合同、工资支付记录、工作证等证据来证明存在劳动关系。待确认劳动关系后，再向劳动保障行政部门申请工伤认定。

因此，虽然劳动关系不确定在一般情况下难以直接进行工伤认定，但并非绝对不可能。具体还需根据实际情况和相关证据来判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。