当电动车主负主要责任，轿车次责时，保险公司的交强险理赔流程如下：

首先，需要明确的是，交强险是一种强制责任保险，旨在保障交通事故受害人依法得到基本赔偿。在电动车主责、轿车次责的情况下，交强险的赔偿会按照以下规则进行：

一、交强险分项限额赔偿

1. 医疗费用赔偿限额：18000元，负责赔偿医疗费、诊疗费等。
2. 伤残赔偿限额：180000元，涵盖误工费、护理费、残疾赔偿金等。
3. 财产损失赔偿限额：2000元。

二、赔偿顺序与责任分担

1. 交强险先行赔付：轿车方的交强险会首先在上述限额内对电动车主的损失进行赔付。例如，如果电动车主受伤产生医疗费用，只要费用在18000元限额内，轿车方的交强险会全额赔付；若电动车有财产损失，在2000元限额内也由轿车方交强险赔偿。
2. 超出交强险限额部分按责任比例分担：若电动车主的损失超出了交强险的赔偿限额，那么超出的部分将按照双方的责任比例进行分担。一般来说，主次责常见的比例划分是电动车主承担70%责任，轿车方承担30%责任。例如，如果交通事故造成电动车一方损失10万元（已扣除交强险赔偿部分），那么轿车方需承担10万×30%=3万元的赔偿责任。

三、注意事项

1. 不同保险公司条款差异：不同的保险公司在条款细则上可能存在差异，因此实际的赔偿情况需要依据具体的保险合同来确定。
2. 协商与诉讼：如果双方对赔偿金额或责任划分有争议，可以尝试进行协商或请求交警调解。若仍无法解决，可以向法院提起民事诉讼，通过法律途径要求对方承担相应赔偿责任。

综上所述，当电动车主负主要责任，轿车次责时，保险公司的交强险会首先在规定的限额内对电动车主的损失进行赔付。超出限额的部分，则按照双方的责任比例进行分担。在实际操作中，需要根据具体的保险合同和事故情况来确定赔偿金额和责任划分。