当法院在判案时发现已办房产证与事实不一，法院会根据实际情况，综合考虑各种证据，依法作出判决。以下是对这一问题的详细分析：

1. 核实证据：

   • 法院会首先核实房产证的真实性以及其与事实不符的具体情况。
   • 法院会审查相关证据，如购房合同、付款凭证、房屋登记资料等，以确定房屋的真实权属情况。

2. 判断房产证与事实不符的原因：

   • 可能是由于登记错误、欺诈、伪造等原因导致的。
   • 法院会根据具体原因，判断相关责任方的法律责任。

3. 依法判决：

   • 如果房产证与事实不符是由于登记错误造成的，且没有其他争议，法院可能会判决更正登记，确认房屋的真实权属。
   • 如果存在欺诈、伪造等违法行为，法院可能会判决相关责任方承担法律责任，包括赔偿损失、承担诉讼费用等。
   • 在涉及第三方权益的情况下，法院会综合考虑各方权益，依法作出公正判决。

4. 考虑其他相关因素：

   • 法院在判决时会考虑房屋的实际居住情况、使用状况以及各方当事人的过错程度等因素。
   • 如果案件涉及复杂的法律关系或争议较大，法院可能会进行更深入的调查和审理。

综上所述，当法院在判案时发现已办房产证与事实不一，会依据相关法律规定和证据情况，依法作出公正判决。如果你面临类似问题，建议尽快收集相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。