不合法。发票的开具应当严格遵循实际经营业务情况，确保真实、准确。针对您提出的问题，可以从以下几个方面进行分析：

一. 发票开具的真实性原则

根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条：“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。”以及第二十一条：“开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具……任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票……”。这强调了发票开具的真实性和准确性要求。

• 例如，如果实际交易是机械租赁，但开具的是材料票，或者将部分机械租赁费发票开成材料票，这都显然与实际经营业务情况不符，违反了发票开具的真实性原则。

二. 机械租赁与材料销售的税率差异

机械租赁属于服务范畴，而材料销售则属于货物销售。两者在增值税的税率上也有所不同。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条，纳税人销售货物（包括材料）的税率与提供有形动产租赁服务（如机械租赁）的税率是不同的。

• 例如，如果错误地将机械租赁费发票开成材料票，可能导致税务处理上的混乱和错误，进而引发税务风险。

三. 虚开发票的法律后果

根据《中华人民共和国发票管理办法》及《刑法》的相关规定，虚开发票行为是违法的，可能面临税务部门的处罚，包括但不限于补缴税款、滞纳金、罚款等，甚至可能构成犯罪。

• 例如，如果虚开发票金额较大或情节严重，还可能涉嫌构成虚开发票罪，面临刑事处罚。

综上所述，真实干了一百万的工程，如果将部分发票开成与实际经营业务不符的机械租赁费发票或材料票，是不合法的。发票的开具应当严格遵循实际经营业务情况，确保真实、准确。

我的建议是，您应当根据实际发生的交易内容如实开具发票，并妥善保管好发票存根联以备税务部门查验。如有进一步需要，您可以继续咨询我。