针对单位员工利用虚开发票套取资金的问题，处理方式主要可以从以下几个方面进行：

1. 立即内部调查：

   • 首先，单位应立即启动内部调查程序，查明事实真相，确认员工是否存在虚开发票套取资金的行为。
   • 调查过程中，应收集相关证据，如发票、账目记录、交易凭证等，以确保调查结果的准确性。

2. 依法处理：

   • 如果调查确认员工确实存在虚开发票套取资金的行为，单位应根据相关法律法规和公司内部规章制度，对员工进行严肃处理。
   • 处理方式可能包括但不限于：追回套取的资金、给予纪律处分（如警告、记过、降职、辞退等）、追究法律责任等。

3. 完善内控制度：

   • 单位应反思现有内控制度是否存在漏洞，导致员工有机会进行此类不法行为。
   • 针对发现的漏洞，应及时完善内控制度，加强财务管理和审计监督，确保类似事件不再发生。

4. 加强员工教育和培训：

   • 单位应加强对员工的法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
   • 通过培训，让员工明确知道虚开发票套取资金的严重后果，从而自觉抵制此类行为。

5. 配合外部调查：

   • 如果员工的行为涉嫌犯罪，单位应积极配合税务机关、公安机关等外部机构的调查工作。
   • 提供必要的证据和资料，协助外部机构查明事实真相，依法追究员工的刑事责任。

综上所述，单位员工利用虚开发票套取资金是一种严重的违法行为，单位应依法依规进行严肃处理，并加强内控制度和员工教育培训，以防范类似事件的再次发生。如果您在处理过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。